В состав Байкальской природной территории входят озеро Байкал, водоохранная зона, прилегающая к озеру Байкал, его водосборная площадь в пределах территории Российской Федерации, особо охраняемые природные территории, прилегающие к озеру Байкал, а также прилегающая к озеру Байкал территория шириной до 200 километров на запад и северо-запад от него. На Байкальской природной территории выделяются центральная экологическая зона, буферная экологическая зона и экологическая зона атмосферного влияния.
Байкальская природная территория играет важную роль в социально-экономическом развитии образующих ее субъектов Российской Федерации (Республика Бурятия, Иркутская область и Забайкальский край). Ресурсы территории лежат в основе производственных циклов находящихся на ней предприятий, а сама Байкальская природная территория обладает высоким рекреационным потенциалом.
Увеличение антропогенного воздействия на Байкальскую природную территорию в целом привело к существенным негативным изменениям в экологической системе озера и его прибрежных территорий.
Объем выбросов от стационарных источников на Байкальской природной территории увеличился с 398 тыс. тонн в 2003 году до 520 тыс. тонн в 2008 году (в 1,31 раза). Сбросы в поверхностные водные объекты возросли с 354 млн. куб. метров до 527 млн. куб. метров (в 1,49 раза). Образование отходов производства и потребления увеличилось с 10 413 тыс. тонн до 12 354 тыс. тонн (в 1,19 раза), поэтому инфраструктура для обезвреживания, хранения и захоронения отходов требует развития и модернизации.
В 2008 году объем негативного воздействия на Байкальскую природную территорию субъектами Российской Федерации характеризовался следующими показателями:
Иркутская область - выбросы составили 391,5 тыс. тонн, сбросы - 30,1 млн. куб. метров, образование отходов 275,7 тыс. тонн;
Республика Бурятия - выбросы составили 117,6 тыс. тонн, сбросы - 495,4 млн. куб. метров, образование отходов 11 712 тыс. тонн;
Забайкальский край - выбросы составили 10,9 тыс. тонн, сбросы - 1,3 млн. куб. метров, образование отходов 366,6 тыс. тонн.
В 2008 году темпы прироста указанных показателей (по сравнению с 2007 годом) резко возросли и составили:
выбросы - 17,9 процента;
сбросы - 17,5 процента;
образование отходов - 4,5 процента.
Наиболее известным загрязнителем вод озера Байкал является открытое акционерное общество "Байкальский целлюлозно-бумажный комбинат", однако значительное влияние на загрязнение озера оказывает р.Селенга (около половины притока речных вод в озеро Байкал). Основным загрязнителем р.Селенги на территории России является г.Улан-Удэ, где очистные сооружения не справляются с очисткой до нормативного уровня сточных вод промышленности и жилищно-коммунального хозяйства. На протяжении 30 последних лет остается нерешенной проблема загрязнения р.Селенги нефтепродуктами в районе пос.Стеклозавод. Большинство очистных сооружений в небольших населенных пунктах бассейна озера Байкал находится в аварийном состоянии, в частности, реконструкции требуют очистные сооружения, расположенные в поселках городского типа Тарбагатай, Бада, в пос. Гусиное озеро, пос.Новокижинск, в селах Петропавловка, Иволгинск, Кижинга и других. В ряде населенных пунктов очистные сооружения канализации отсутствуют.
Часть загрязнения вод озера Байкал поступает из Забайкальского края. Загрязняющие вещества поступают в озеро по р.Чикой и р.Хилок, являющимся главными притоками р.Селенги.
Современное состояние в сфере обращения с отходами производства и потребления на Байкальской природной территории характеризуется образованием и накоплением значительного объема отходов, в том числе опасных, что в настоящее время представляет реальную угрозу уникальной экологической системе озера Байкал и Байкальской природной территории.
Проблема размещения отходов потребления особо актуальна для Республики Бурятия, так как здесь практически во всех населенных пунктах (кроме гг.Улан-Удэ и Северобайкальска, пос.Саган-Нур) отсутствуют полигоны для размещения отходов. Однако и на других участках Байкальской природной территории значительное количество объектов также не имеют специально оборудованных полигонов захоронения отходов, в том числе муниципальных, или такие полигоны находятся в неудовлетворительном состоянии.
Серьезную угрозу экологической безопасности озера Байкал представляют отходы хозяйственной деятельности предприятий, расположенных в населенных пунктах Байкальск, Слюдянка, Листвянка, Култук, Новоснежная, Байкал, а также в населенных пунктах Ольхонского и Иркутского районов в границах центральной экологической зоны Байкальской природной территории.
За последние 10-летия усугубилась негативная тенденция в области утилизации накапливающихся отходов. Только небольшая часть накапливающихся отходов производства подвергается утилизации. Так, к концу 2008 года на территории г.Улан-Удэ образовалось 366,78 тыс. тонн отходов (в 2007 году - 342,573 тыс. тонн), из них утилизировано 2,402 тыс. тонн (в 2007 году - 51,213 тыс. тонн).
На загрязнение озера оказывает влияние текущая хозяйственная деятельность предприятий, расположенных во всех 3 экологических зонах, а также промышленные отходы, оставшиеся после ликвидации ряда производств. Одним из примеров экологических последствий деятельности ликвидированных предприятий являются отходы, накопленные в 1934-2001 годах, в период деятельности Джидинского вольфрамомолибденового комбината, в результате чего около одной третьей территории г.Закаменска подверглось повышенному загрязнению, а в озеро Байкал до сих пор попадают различные химические элементы высокого класса опасности. По гидрохимическим показателям р.Модонкуль в районе г.Закаменска в результате сбросов загрязняющих веществ в составе шахтных вод Джидинского вольфрамомолибденового комбината до сих пор характеризуется как самая загрязненная река на Байкальской природной территории.
Вдоль побережья озера Байкал находится большое количество локальных участков массового туризма и отдыха, характеризующихся постоянно растущим потоком туристов. Рекреационное использование озера Байкал с учетом природоохранных требований обусловливает необходимость развития инфраструктуры организованного туризма и отдыха на побережье озера.
Увеличение антропогенной нагрузки на Байкальскую природную территорию требует комплекса неотложных мер по обеспечению сохранения на особо охраняемых природных территориях находящихся под угрозой исчезновения объектов животного и растительного мира, а также воспроизводства эндемичных видов животных и растений.
Требуется развитие системы государственного экологического мониторинга Байкальской природной территории на основе комплексного подхода, предусматривающего в том числе интеграцию в единую информационную систему данных о состоянии поверхностных и подземных вод, атмосферного воздуха, почв и других компонентов природной среды с одновременным увеличением количества контролируемых параметров, что позволит обеспечить органы государственной власти и управления информацией, необходимой для принятия оперативных управленческих решений.
Действующие расходные обязательства Российской Федерации, а также расходные обязательства Республики Бурятия, Иркутской области и Забайкальского края и муниципальных образований в области охраны окружающей среды в основном сформированы за счет финансирования текущей деятельности уполномоченных органов исполнительной власти, что не обеспечивает устранение угроз уникальному объекту природного наследия.
Расходы в 2011 и 2012 годах на обеспечение деятельности особо охраняемых природных территорий федерального значения составляют 170,93 млн. рублей ежегодно.
Росгидрометом осуществляются мероприятия по государственному экологическому мониторингу с объемом финансирования 5,3 млн. рублей.
За счет средств федерального бюджета осуществляется в 2011-2013 годах финансовое обеспечение мероприятий в сфере водных отношений на территории Республики Бурятия, Иркутской области и Забайкальского края (субвенции, субсидии) в размере 178,34 млн. рублей ежегодно.
Расходные обязательства Республики Бурятия в 2011 году на охрану окружающей среды составляют 155,72 млн. рублей, в том числе субсидии и субвенции из федерального бюджета - 105,07 млн. рублей.
Расходными обязательствами Иркутской области предусмотрены расходы на обеспечение реализации мер по охране окружающей среды в размере 143,56 млн. рублей (на 2011 год - 43,37 млн. рублей, на 2012 год - 47,71 млн. рублей, на 2013 год - 52,48 млн. рублей).
Расходные обязательства Забайкальского края в 2011-2013 годах обеспечивают финансирование природоохранных мероприятий в пределах Байкальской природной территории, осуществляемое из средств краевого бюджета, и составляют 3,1 млн. рублей ежегодно.