Многие элементы государственной политики, в том числе в бюджетной и налоговой сферах, пока не в полной мере настроены на стимулирование инновационного развития страны. Не завершено формирование условий для модернизации экономики и изменения модели экономического роста. Для бюджетной системы страны сохраняются риски, обусловленные высокой зависимостью экономики и, соответственно, бюджетных доходов от внешнеэкономической конъюнктуры.
Система государственного управления во многом функционирует в ручном режиме, требует постоянной подстройки. Зачастую принимаемые меры недостаточно эффективны, поскольку в силу оперативных изменений не до конца прорабатываются механизмы их применения. Это касается, к примеру, сложностей с применением новых механизмов поддержки инноваций, предусмотренных налоговым законодательством Российской Федерации (повышенная амортизационная премия, дополнительный коэффициент к затратам на НИОКР).
По-прежнему существует ряд барьеров, препятствующих созданию бюджетными научными учреждениями и образованными государственными академиями наук научными учреждениями хозяйственных обществ, занимающихся внедрением результатов интеллектуальной деятельности.
К таким барьерам, в частности, относятся отсутствие механизмов финансовой поддержки инновационных проектов с существенной долей участия бюджетных учреждений и проблемы управления интеллектуальной собственностью.
Отрицательные финансовые последствия глобального экономического кризиса не позволили сбалансировать принятое решение о повышении с 1 января 2011 года суммарной ставки страховых взносов в государственные внебюджетные фонды с 26 до 34 процентов мерами по частичной компенсации возросшей финансовой нагрузки на работодателей, что оказало негативное влияние на перспективы экономического роста.
Проблема была несколько смягчена за счёт предоставления права уплаты страховых взносов по пониженным тарифам ряду категорий организаций. Но эти меры имеют фрагментарный характер, в то время как проблема требует системного решения.
Выявились риски формального подхода к внедрению новых механизмов оказания и финансового обеспечения государственных и муниципальных услуг.
За последние годы многократно пересматривались процедуры размещения заказов, но практически не развивались институты планирования заказа и исполнения государственных контрактов. Ответственность государственного заказчика за конечные результаты закупки во многих случаях, по сути, подменялась ответственностью исключительно за соблюдение формализованных правил выбора поставщика. В малой степени используются возможности для стимулирования через систему закупок производства инновационной продукции. Искусственное занижение цен имеет очевидный обратный эффект в виде падения качества поставляемой продукции или срыва исполнения заказа.
Слабо увязанными с формируемыми государственными программами остаются уже применяемые инструменты программно-целевого планирования. Пока не удалось преодолеть инерцию планирования и увеличения расходов без оценки их реальной отдачи и соответствия целям государственной политики в условиях конъюнктурно высоких цен на нефть. Это является одним из факторов высокой инфляции и сохранения бюджетного дефицита.