Федеральным законом установлены действенные механизмы контроля деятельности учреждения, в том числе, за выполнением задания, за состоянием размера кредиторской задолженности, за совершением крупных сделок и пр.
Федеральным законом предусмотрено составление и утверждение, начиная с 2012 года, для каждого учреждения плана финансово-хозяйственной деятельности в соответствии с Требованиями к плану финансово-хозяйственной деятельности государственного (муниципального) учреждения, утвержденными приказом Министерства финансов Российской Федерации от 28.07.2010 N 81н, а также отчета о результатах деятельности и иных документов, предусмотренных пунктом 3.3 статьи 32 Федерального закона от 12 января 1996 года N 7-ФЗ в редакции Федерального закона. В целях обеспечения открытости и доступности документов, определенных пунктом 3.3 указанной статьи, учреждение предоставляет соответствующую информацию в Федеральное казначейство для размещения на специально созданном официальном сайте в сети Интернет (пункт 3.5 статьи 32 Федерального закона от 12 января 1996 года N 7-ФЗ в редакции Федерального закона).
Публичность и открытость деятельности учреждений задает новый, существенно больший уровень их ответственности перед учредителями и потребителями услуг.
Одновременно Федеральным законом предусмотрена и персональная ответственность руководителя бюджетного учреждения за результаты деятельности учреждения вплоть до увольнения.
Так, учредитель при заключении трудового договора с руководителем бюджетного учреждения помимо прав и обязанностей руководителя, показателей оценки эффективности и результативности его деятельности, условий оплаты труда руководителя, срока действия трудового договора, если такой срок установлен учредительными документами бюджетного учреждения, предусматривает условие о расторжении трудового договора по инициативе работодателя в соответствии с Трудовым кодексом Российской Федерации при наличии у бюджетного учреждения просроченной кредиторской задолженности, превышающей предельно допустимые значения, установленные учредителем (часть 27 статьи 30 Федерального закона).
Кроме этого, в соответствии с частью 13 статьи 9.2 Федерального закона от 12 января 1996 года N 7-ФЗ, статьями 14, 15 Федерального закона от 3 ноября 2006 года N 174-ФЗ руководитель учреждения несет ответственность в размере убытков, причиненных в результате совершения крупной сделки, не получившей предварительного согласия учредителя, - для бюджетных учреждений, наблюдательного совета - для автономных учреждений.