Казенное муниципальное учреждение образования в качестве некоммерческой образовательной организации освобождено от НДС по выполнению работ в рамках образовательного процесса при исполнении бюджетной сметы или установленного муниципального субсидируемого задания, расходы по которому финансируются из бюджета (пп.14 п.2 ст.149 НК РФ).
При наличии в казенном муниципальном учреждении образования своей столовой, то реализация продукции питания столовой в этом учреждении освобождена от НДС (пп.5 п.2 ст.149 НК РФ).
Казенное муниципальное учреждение школьного и дошкольного образования освобождено от НДС по оказанию услуг по содержанию детей в дошкольном учреждении, проведению занятий с несовершеннолетними детьми в кружках, секциях (включая спортивные) и студиях (пп.4 п.2 ст.149 НК РФ).
При этом с 01.01.2011 г. образовательная деятельность лицензируется и для освобождения от НДС по вышеуказанным 3-м видам льгот обязательным условием является наличие у учреждения лицензии на образовательную деятельность по образовательной программе (п.6 ст.149 НК РФ, пп.105 п.1 ст.17 и пп.9 п.2 ст.17 Федерального закона N 128-ФЗ "О лицензировании отдельных видов деятельности", Постановление Правительства РФ N 87 от 16.02.2011 г.).
Не освобождено от НДС получение доходов казенным муниципальным учреждением образования от сдачи находящегося в оперативном управлении имущества в аренду. При этом сумма арендной платы должна включать в себя сумму НДС, а арендатор является налоговым агентом учреждения по исчислению, удержанию, декларированию и уплате в бюджет суммы НДС с арендной платы (п.3 ст.161 НК РФ).
НДС с суммы оплаты арендатором коммунальных платежей и иных платежей по договору аренды (кроме арендной платы) арендатор исчисляет и уплачивает в бюджет самостоятельно в качестве налогового агента муниципального казенного учреждения образования только в том случае, если в договоре аренды установлено, что арендная плата состоит из 2-х частей: плата за арендуемую площадь - постоянная часть арендной платы и плата за коммунальные и иные услуги - переменная часть арендной платы (основание - ФНС РФ N ШС-22-3/86@ от 04.02.2010 г).
Если в договоре указано, что коммунальные и иные платежи (электроэнергия, уборка помещений и пр.) возмещаются (компенсируются) арендатором, то ни арендодателю, ни арендатору в качестве налогового агента не нужно исчислять и оплачивать в бюджет НДС с суммы такого возмещения (основание письма ФНС РФ N ШС-22-3/86@ от 04.02.2010 г., N ШТ-6-03/1040@ от 27.10.2006 г. и N ШТ-6-03/340@ от 23.04.2007 г.). Счет-фактуру на сумму указанных платежей (компенсационных выплат) в этом случае арендодатель арендатору не выставляет.
Не освобождено от НДС оказание казенным муниципальным учреждением образования прочих платных услуг, не указанных выше в перечне услуг, льготируемых по НДС для таких учреждений, например, консультационных и т.п.
Однако, приносящая доход деятельность казенных муниципальных учреждений образования может осуществляться только в рамках уставной деятельности и о возможности осуществления этой деятельности должно быть сказано в уставе учреждения.
Следовательно, если казенное муниципальное учреждение образования имеет исчисленный самостоятельно НДС по доходам от указанных в уставе платных услуг (кроме НДС от арендной платы, который исчисляется арендатором, и льготируемых ст.149 НК РФ), то учреждение имеет право на налоговые вычеты по НДС относительно тех затрат, которые непосредственно произведены для выполнения облагаемых НДС доходов (ст.171 НК РФ).
Условием принятия налоговых вычетов является наличие счетов-фактуры поставщиков и оприходование в учете произведенных затрат по первичному учетному документу: накладной, акту и т.п. (ст.172 НК РФ). Наличие оплаты поставщику не является необходимым условием принятия НДС к вычету(кроме оплаты при импорте учреждением товаров, услуг).
Если произведенные затраты относятся одновременно к деятельности, облагаемой НДС, и к деятельности, не облагаемой НДС, то следует организовать раздельный учет того, какая часть НДС по счету-фактуре, относящая к облагаемой НДС деятельности, подлежит вычету. При отсутствии такого учета сумма НДС по таким счетам-фактурам полностью не принимается к вычету (п.4 ст.170 НК РФ).
При ведении налогового учета, декларирования и оплаты в бюджет НДС казенному учреждению следует руководствоваться прочими, соответствующими ситуации, нормами Главы 21 НК РФ и Постановления Правительства РФ N 914 "Об утверждении правил ведения журналов учета полученных и выставленных счетов-фактур, книг покупок и книг продаж при расчетах по налогу на добавленную стоимость".
Казенное муниципальное учреждение образования может воспользоваться правом освобождения от обязанностей плательщика НДС по нормам ст.145 НК РФ.