Защита персональных данных граждан в Системе обеспечивается в соответствии с требованиями законодательства Российской Федерации за счет ведения перечня информационных ресурсов Системы и сведений об уровне их конфиденциальности, ведения единого каталога пользователей, их ролей и категорий, использования инфраструктуры открытых ключей электронной цифровой подписи и шифрования данных, поддержки обмена юридически значимыми электронными документами, обезличивания персональных данных, получаемых из медицинских информационных систем для централизованной обработки и хранения и при их передаче по каналам связи, использования организационно-режимных мер управления доступом к Системе и обеспечения физического разделения информации и ресурсов Системы, требующих различных мер и средств защиты.