Финансовое обеспечение создания Федерального центра обработки данных, а также временной площадки федерального центра обработки данных, в том числе в части обеспечения информационной безопасности, разработки и размещения на ней основных централизованных общесистемных компонентов Системы осуществляется за счет средств Федерального фонда обязательного медицинского страхования на модернизацию здравоохранения, переданных в федеральный бюджет.
Финансовое обеспечение создания и внедрения федеральных прикладных компонентов осуществляется за счет бюджетных ассигнований федерального бюджета, предусмотренных Министерству здравоохранения и социального развития Российской Федерации, а также за счет средств Федерального фонда обязательного медицинского страхования на модернизацию здравоохранения, переданных в федеральный бюджет.
Финансовое обеспечение создания и внедрения региональных прикладных компонентов, обеспечения подключения медицинских учреждений к сети Интернет, их оснащения компьютерным, телекоммуникационным оборудованием и средствами информационной безопасности, а также внедрение федеральных транзакционных систем и доработка существующих информационных систем в медицинских учреждениях для обеспечения интеграции с федеральными компонентами осуществляется за счет средств Федерального фонда обязательного медицинского страхования, переданных на реализацию региональных программ модернизации здравоохранения (для учреждений, участвующих в реализации программ обязательного медицинского страхования), за счет средств региональных бюджетов (для иных медицинских учреждений).
Финансовое обеспечение создания иных региональных информационных систем в сфере здравоохранения, в том числе в части обеспечения их информационной безопасности, осуществляется за счет бюджетов субъектов Российской Федерации и территориальных фондов обязательного медицинского страхования.