С учетом сложности, комплексности и масштабности реализации задач, связанных с созданием Системы, предлагается многоуровневая система управления процессом ее создания, включающая в себя уровни стратегического управления, заказчика (пользователя), исполнителя.
Министерство здравоохранения и социального развития Российской Федерации обеспечивает управление созданием Системы, в том числе разрабатывает и (или) принимает в пределах своих полномочий необходимые нормативные правовые акты, формирует требования к созданию и развитию Системы, координирует формирование требований к системе других органов исполнительной власти, а также обеспечивает разработку, координацию и мониторинг исполнения плана мероприятий по созданию и развитию Системы и является оператором федерального сегмента Системы. Функции проектного управления и организационно-методическое сопровождение работ по созданию, развитию и сопровождению Системы осуществляются федеральным органом исполнительной власти, осуществляющем функции по выработке государственной политики и нормативно-правовому регулированию в сфере здравоохранения и социального развития, либо уполномоченной им организацией.
Экспертная оценка документов по информатизации, формируемых при реализации мероприятий по созданию и развитию Системы осуществляется в соответствии с постановлением Правительства Российской Федерации от 24 мая 2010 года N 365.
К реализации мероприятий Концепции привлекаются иные органы исполнительной власти, научные организации Российской академии медицинских наук, профессиональные общественные медицинские организации.