Создание Системы основывается на следующих принципах:
однократный ввод и многократное использование первичной информации (полученной от медицинского (фармацевтического) работника, гражданина, должностного лица), в том числе для целей управления здравоохранением;
использование электронных документов, юридическая значимость которых подтверждена электронной цифровой подписью, в качестве основного источника первичной информации в Системе;
обеспечение совместимости (интероперабельности) медицинских информационных систем;
создание прикладных информационных систем по модели "программное обеспечение как услуга" (SaaS);
обеспечение информационной безопасности и защиты персональных данных в соответствии с требованиями законодательства Российской Федерации, в том числе с использованием электронной цифровой подписи и электронных средств идентификации врача и пациента (универсальная электронная карта гражданина Российской Федерации);
централизованное управление разработкой, внедрением и сопровождением Системы на основании единой технологической политики с учетом отраслевых государственных, национальных и адаптированных к отечественным условиям международных стандартов в области медицинской информатики (включая стандарт HL7 и индустриальный стандарт DICOM для передачи радиологических изображений и другой медицинской информации);
централизованное проектирование, разработка и сопровождение компонентов Системы, финансирование создания которых осуществляется за счет средств федерального бюджета, а также за счет средств Федерального фонда обязательного медицинского страхования на модернизацию здравоохранения, переданных в федеральный бюджет;
обеспечение интеграции с введенными в промышленную эксплуатацию компонентами "Электронного Правительства", с универсальной электронной картой гражданина Российской Федерации;
исключение дублирования функций, реализованных в рамках введенных в промышленную эксплуатацию компонентов "Электронного Правительства", интегрированной информационной системы управления государственными финансами и информационной системы межтерриториальных расчетов Федерального фонда обязательного медицинского страхования;
обеспечение обмена данными и интеграции с информационной системой межтерриториальных расчетов Федерального фонда обязательного медицинского страхования;
предоставление Министерству здравоохранения и социального развития Российской Федерации или уполномоченной им организации организационной и технической возможности удаленного мониторинга работоспособности аппаратно-программных решений на уровне медицинской организации, а при необходимости и возможности удаленного управления аппаратно-программными решениями;
соблюдение единства электронной медицинской карты вне зависимости от источников финансового обеспечения оказанной медицинской помощи;
принятие решения о модернизации используемых медицинских информационных систем и разработке новых компонентов Системы с учетом максимально возможного сохранения существующих программно-технических средств на основе анализа совокупной стоимости владения.
При разработке Системы также должна быть обеспечена поддержка конкуренции среди производителей медицинских информационных систем, информационных систем, автоматизирующих административно-хозяйственную деятельность медицинских организаций, а также иных специализированных прикладных информационных систем, создание и развитие которых может финансироваться за счет частных инвестиций в условиях конкурентного рынка.