Реализация Программы осуществляется на основе государственных контрактов (договоров), предусматривающих разработку и поставку продукции для федеральных государственных нужд, заключаемых с исполнителями мероприятий Программы по результатам проведения открытого конкурса.
Министерство обороны Российской Федерации осуществляет функции государственного заказчика - координатора Программы в отношении мероприятий Программы, предусматривающих научно-исследовательские и опытно-конструкторские работы. Методическое руководство и общая координация мероприятий Программы в этой части возлагаются на Службу безопасности полетов авиации Вооруженных Сил Российской Федерации.
Руководителем Программы является Министр обороны Российской Федерации, заместителем руководителя Программы - начальник Службы безопасности полетов авиации Вооруженных Сил Российской Федерации.
Финансирование проектно-изыскательских работ, строительство и реконструкция зданий и помещений для размещения оборудования и автоматизированных рабочих мест единой информационно-аналитической системы, внедрение элементов единой информационно-аналитической системы, автоматизированных систем контроля и финансирование мероприятий по внедрению других систем, включенных в Программу, осуществляются государственными заказчиками Программы в подведомственных им авиационных структурах.
Финансирование проектно-изыскательских работ, строительство и реконструкция зданий и помещений для размещения оборудования коммуникационных узлов телекоммуникационной системы для последующего подключения к ним элементов единой информационно-аналитической системы подразделений государственной авиации осуществляются государственным заказчиком Программы - Министерством внутренних дел Российской Федерации.
Координация мероприятий, предусмотренных Программой, осуществляется в рамках действующей Межведомственной комиссии по авиационной безопасности и безопасности полетов гражданской авиации.
Основными задачами координации мероприятий Программы являются целенаправленное и полное выполнение задач Программы, исключение дублирования мероприятий и максимально эффективное использование достижений в сфере обеспечения безопасности полетов.
Механизм управления реализацией Программы определяется положением об управлении реализацией Программы, которое разрабатывается Министерством обороны Российской Федерации и утверждается руководителем Программы. Положение устанавливает также состав и задачи межведомственного координационного совета, который возглавляет начальник Службы безопасности полетов авиации Вооруженных Сил Российской Федерации. Положение о межведомственном координационном совете и его персональный состав утверждаются приказом Министра обороны Российской Федерации по согласованию с федеральными органами исполнительной власти - государственными заказчиками Программы.
Основными задачами межведомственного координационного совета являются:
подготовка предложений по разработке ежегодных планов организационных мероприятий по реализации Программы и контролю за их исполнением;
разработка предложений по перечню целевых индикаторов и показателей мониторинга реализации мероприятий Программы;
участие в подготовке проектов документов, связанных с реализацией мероприятий Программы.