Программа реализуется за счет средств федерального бюджета в 2 этапа. Проведение мероприятий I этапа требует финансирования в объеме 1500 млн. рублей. Объем финансирования II этапа составляет 9500 млн. рублей. Общие расходы на реализацию мероприятий Программы составляют 11000 млн. рублей, из них на капитальные вложения - 7210 млн. рублей, научно-исследовательские и опытно-конструкторские работы - 1640 млн. рублей и прочие расходы - 2150 млн. рублей. Расходы осуществляются по следующим направлениям Программы:
разработка методологии и механизмов функционирования системы управления безопасностью полетов, создание и развитие ее организационно-технической структуры, включающей элементы и структуры непрерывного мониторинга авиационной системы, расследования авиационных происшествий, анализа и прогноза развития обстановки, а также разработки вариантов решения проблемных ситуаций в области безопасности полетов;
создание телекоммуникационной системы и инфраструктуры единого информационного пространства в области безопасности полетов воздушных судов государственной авиации;
материально-техническое оснащение авиационных структур государственной авиации и их органов управления в целях повышения эффективности деятельности в области безопасности полетов;
создание научно-методических основ и определение приоритетных направлений развития методологической базы снижения рисков авиационных происшествий и повышения защищенности критически важных элементов авиационных систем государственной авиации от влияния опасных факторов;
разработка мероприятий по созданию и внедрению технических средств и технологий, обеспечивающих безопасность полетов воздушных судов государственной авиации.
Мероприятия Программы носят самостоятельный характер и не дублируют мероприятия, выполняемые в рамках Государственной программы обеспечения безопасности полетов воздушных судов гражданской авиации и федеральной целевой программы "Модернизация Единой системы организации воздушного движения Российской Федерации (2009-2015 годы)".