Комплексное управление программой осуществляется субъектом бюджетного планирования - Минсельхозом России.
Система управления реализацией Программы:
- ответственным за реализацию Программы в целом, достижение целей, задач Программы, индикаторов цели, показателей задач и мероприятий, утвержденных в Программе, является Департамент животноводства и племенного дела;
- координацию взаимодействия департаментов Минсельхоза России и методическое руководство реализацией Программы осуществляет Департамент экономики и анализа;
- оказание консультационной помощи сельскохозяйственным товаропроизводителям осуществляет Департамент научно-технологической политики и образования;
- финансирование программных мероприятий в 2011-2013 годах осуществляет Департамент финансов и бюджетной политики;
- мониторинг реализации программы осуществляет Департамент экономики и анализа;
- ответственным за формирование отчетности о ходе реализации программы является Департамент животноводства и племенного дела.