Выделяется 6 основных этапов мониторинга.
На I этапе осуществляется ввод основных данных и плановых показателей на очередной год.
На II этапе осуществляется учет заключенных государственных контрактов и регистрация пользователей.
На III этапе осуществляется подготовка процедуры мониторинга.
На IV этапе осуществляется сбор информации о результатах выполнения Программы за отчетный период.
На V этапе осуществляется обработка данных мониторинга за отчетный период и размещение информации в сети Интернет.
На VI этапе осуществляется формирование отчетной информации о ходе реализации Программы.
Первые 2 этапа являются подготовительными. В ходе их выполнения формируется основная статистическая информация о ходе реализации Программы на текущий год. Работы, предусмотренные для осуществления на I этапе, выполняются 1 раз в начале очередного года, а при необходимости корректировки планов - в течение года. Работы, предусмотренные для осуществления на II этапе, ведутся в течение года по мере заключения государственных контрактов.
На III-VI этапах осуществляется регламентация задач, решаемых в рамках одного отчетного периода - квартала.