Центр осуществляет свою деятельность под общим руководством главы дипломатического представительства Российской Федерации в Республике Никарагуа.
Практическое руководство деятельностью Центра осуществляет Федеральное агентство по делам Содружества Независимых Государств, соотечественников, проживающих за рубежом, и по международному гуманитарному сотрудничеству.
Институт подчиняется Министерству иностранных дел Республики Никарагуа.