Управление Программой и распоряжение средствами федерального бюджета осуществляет Министерство сельского хозяйства Российской Федерации. Система управления реализацией Программы:
- ответственными за реализацию Программы, достижение ее целей и задач являются Департамент животноводства и племенного дела и Департамент экономики и анализа;
- координацию деятельности подразделений Минсельхоза России, учреждений и организаций, участвующих в выполнении Программы, и их взаимодействие по реализации программных мероприятий осуществляют Департамент животноводства и племенного дела и Департамент экономики и анализа;
- финансирование программных мероприятий осуществляют Департамент экономики и анализа, Департамент финансов и бюджетной политики, уполномоченные органы исполнительной власти субъектов Российской Федерации и заинтересованные частные инвесторы;
- научно-методологическое обеспечение реализации Программы осуществляет Департамент научно-технологической политики и образования;
- ответственными за формирование отчетности о ходе реализации Программы являются Департамент животноводства и племенного дела, Департамент экономики и анализа;
- финансирование предусмотренных Программой мероприятий в пределах средств федерального бюджета, предусмотренных Минсельхозу России федеральным законом о федеральном бюджете на текущий финансовый год и. плановый период. Составной частью механизма финансирования является предоставление субсидий из федерального бюджета бюджетам субъектов Российской Федерации на поддержку племенного животноводства в порядке, установленном Правительством Российской Федерации, а также финансирование НИОКР за счет средств федерального бюджета.