Стратегия в первую очередь направлена на достижение целей национальной морской политики, непосредственно связанных с социально-экономическим развитием Российской Федерации, обеспечением ее государственного суверенитета в территориальном море и внутренних водах, реализацией юрисдикции и защитой суверенных прав на континентальном шельфе и в исключительной экономической зоне, обеспечением безопасности морской деятельности, включая экономическую безопасность, использованием Российской Федерацией свобод открытого моря.
В Стратегии выделяются следующие основные проблемы и риски:
недостаточное участие морских судов, зарегистрированных под Государственным флагом Российской Федерации, в обслуживании российской грузовой базы, что снижает эффективность транспортной системы страны в целом и ставит Российскую Федерацию в зависимость от иностранных государств, обладающих конкурентоспособным морским транспортом;
малая доля судов, плавающих под Государственным флагом Российской Федерации, в мировом торговом флоте, слабое участие российского торгового флота в глобальных международных перевозках (между портами иностранных государств);
значительное отставание от принятых норм уровня удовлетворения физиологических потребностей жителей Российской Федерации в протеине морского происхождения, отрицательно влияющее на качество и продолжительность жизни населения;
высокий уровень экономических потерь от незаконной эксплуатации и реализации в иностранных портах водных биологических ресурсов, находящихся под юрисдикцией Российской Федерации;
тенденция к истощению месторождений углеводородов на территории Российской Федерации, определяющая необходимость включения в хозяйственный оборот запасов континентального шельфа Российской Федерации. Дефицит энергомощностей, недостаточность научно-технической базы разработки новых методов и средств для поиска, разведки и добычи полезных ископаемых, сдерживающие освоение месторождений полезных ископаемых и развитие береговой инфраструктуры, включая морские и речные порты;
длительная стагнация производства, повлекшая за собой потерю большинства секторов внутреннего и внешнего рынков российского судостроения;
недостаточный уровень военной защищенности национальных интересов, связанных с реализацией суверенитета, суверенных и иных прав Российской Федерации в Мировом океане, а также безопасности морехозяйственной и других видов деятельности, военной безопасности страны с океанских и морских направлений;
отставание развития транспортной инфраструктуры от темпов включения в хозяйственный оборот запасов углеводородов континентального шельфа Российской Федерации, недостаточное навигационно-гидрографическое обеспечение морской деятельности, в особенности в арктических районах и районах, отдаленных от морских портов;
сокращение комплексных экспедиционных научных исследований в ключевых районах Мирового океана, необходимых для воспроизводства ресурсной базы, предупреждения и уменьшения опасных последствий стихийных бедствий, а также постоянного мониторинга природных, антропогенных и техногенных явлений глобального и регионального масштабов;
увеличение интенсивности судоходства, активизация разведки и добычи нефти на континентальном шельфе Российской Федерации, строительство нефтяных терминалов и увеличение перевозок нефти морем, требующие усиления мер по обеспечению безопасности мореплавания и защите морской среды от загрязнения с судов, в том числе в сотрудничестве с сопредельными государствами и международными организациями, действующими в этой области;
недостаточный уровень развития информационного обеспечения морской деятельности на основе систем, комплексов и средств различного подчинения, их интеграции и рационального использования;
возрастающее антропогенное загрязнение морских акваторий, находящихся под юрисдикцией Российской Федерации, и не отвечающее современным требованиям оснащение контролирующих органов техническими средствами морского экологического контроля и надзора;
необходимость дополнения существующего преимущественно отраслевого подхода к планированию развития морской деятельности комплексным подходом.