Реализацию Программы предлагается осуществить в 2 этапа.
Основной целью первого этапа (2011-2015 годы) является преодоление существующего научно-технического, технологического и производственного отставания отечественной фармацевтической и медицинской промышленности, преодоление сырьевой зависимости от зарубежных поставщиков, решение основных задач обеспечения национальной безопасности в сфере здравоохранения и создание технологической основы для перехода фармацевтической и медицинской промышленности к инновационной модели развития.
Основной целью второго этапа (2016-2020 годы) является устойчивое инновационное развитие отечественной фармацевтической и медицинской промышленности с нарастающим экспортным потенциалом, решение задачи обеспечения российского здравоохранения и населения качественной и доступной продукцией российского производства.