Северо-Кавказский федеральный округ располагает уникальным сочетанием бальнеологических ресурсов - минеральными питьевыми водами, термальными водами и лечебной грязью. Здесь сосредоточено около 30 процентов всех российских ресурсов минеральных вод, что по объемам сопоставимо с ресурсами центральных районов европейской части Российской Федерации. Также на территории расположено более 70 процентов запасов термальных вод Российской Федерации.
С учетом ограниченных запасов полезных ископаемых субъекты Российской Федерации, входящие в состав Северо-Кавказского федерального округа, не обладают высоким потенциалом по увеличению вклада добывающей отрасли в экономику, однако разработка ряда месторождений углеводородного сырья, а также рудных полезных ископаемых является значимой для развития экономики некоторых указанных субъектов.
Доля Северо-Кавказского федерального округа в структуре разведанных запасов полезных ископаемых Российской Федерации составляет в отношении вольфрама 41 процент, в отношении молибдена - 11 процентов, в отношении меди, свинца, цинка и титана - до 2 процентов, в отношении нефти - 4,8 процента и в отношении газа 2,1 процента.
По запасам вольфрамовых руд лидируют Карачаево-Черкесская Республика и Кабардино-Балкарская Республика, а по запасам молибденовых руд - Кабардино-Балкарская Республика. Наиболее крупным в Северо-Кавказском федеральном округе месторождением меди является Кизил-Дере в Республике Дагестан, его доля в запасах Российской Федерации составляет 1,4 процента.
Крупнейшие месторождения цинка расположены в Республике Северная Осетия - Алания (Джимидонское, Кадат-Хампалдонское, Какадур-Каникомское), в Карачаево-Черкесской Республике (Урупское, Быковское) и в Республике Дагестан (Кизил-Дере). По количеству остаточных запасов большинство месторождений относят к мелким, так как большая часть их к настоящему времени выработана.
Все месторождения свинца Северо-Кавказского федерального округа сосредоточены в Республике Северная Осетия - Алания. Большая часть ресурсов локализована в Джимидонском рудном поле.
Несмотря на развитую инфраструктуру, Северо-Кавказский федеральный округ вносит незначительный вклад в объемы добычи углеводородного сырья в Российской Федерации. Существенными препятствиями для развития добычи углеводородов является выработанность значительной доли месторождений и сокращение разведанных запасов топливно-энергетических ресурсов.
Основные запасы нефти Северо-Кавказского федерального округа сосредоточены в Чеченской Республике. Весомыми для округа нефтяными месторождениями являются Старогрозненское, Горячеисточнинское (Ястребиное), Гойт-Кортовское, Северо-Брагунское (Чеченская Республика), Величаевско-Колдезное, Журавское, Зимне-Ставкинское - Правобережное (Ставропольский край), Малгобек - Вознесенское - Алхазово (Республика Ингушетия).
Наиболее перспективными месторождениями титана и циркония являются Бешпагирское и Правобережное россыпные поля в Ставропольском крае общей площадью около 1700 кв. километров. Титан и цирконий являются остродефицитными стратегическими видами сырья - ильменитовый, рутиловый и цирконовый концентраты в Российской Федерации не производятся и экспортируются в полном объеме. Потребность в сырье в 2-3 раза превышает потребление. Отсутствие собственного производства цирконового и титановых концентратов сдерживает развитие ряда отраслей промышленности, которые активно развиваются за рубежом.
Геолого-разведочные работы в пределах Северо-Кавказского федерального округа выполняются в соответствии с долгосрочной государственной программой изучения недр и воспроизводства минерально-сырьевой базы России на основе баланса потребления и воспроизводства минерального сырья. Объем финансирования геолого-разведочных работ в 2009 году за счет средств федерального бюджета составлял 309 млн. рублей, в том числе на углеводородное сырье - 54,1 млн. рублей и на твердые полезные ископаемые 254,9 млн. рублей.
На 2010 год предусмотрены геолого-разведочные работы (титан, цирконий, рудное золото, неметаллы) для снижения депрессивных тенденций в экономике, а также для обеспечения сырьем (стройматериалами) строительных объектов XXII Олимпийских зимних игр в г.Сочи.
Водоресурсный потенциал Северо-Кавказского федерального округа полностью обеспечивает потребность населения и отраслей экономики в водных ресурсах. Здесь расположены самые разнообразные водные ресурсы - Каспийское море, Кубанское водохранилище, озеро Довсун в Ставропольском крае, Голубые озера и Чегемские водопады в Кабардино-Балкарской Республике, а также реки Кубань, Терек, Баксан, Зеленчук, Сулак, Большая Лаба, Ардон, Фиагдон, Сунжа и др. Наличие разнообразных видов поверхностных вод, в том числе горных рек, с большими уклонами позволяет развивать не только различные виды туризма (оздоровительный, рекреационный, спортивный, экологический, рыболовный, пляжный), но и гидроэнергетику.
Реки Кубань, Терек, Сулак и Сунжа являются главными водными магистралями.
Бассейн р.Кубань характеризуется напряженным водохозяйственным балансом с дефицитами воды даже в среднезасушливые годы, вызывающим проблемы в коммунальном, промышленном и сельскохозяйственном водоснабжении. В зоне риска паводковых затоплений и опасных русловых процессов находятся сотни населенных пунктов и более 600 тыс. гектаров сельскохозяйственных угодий.
В бассейне р.Терек основными проблемами являются наводнения при отсутствии регулирующих емкостей водохранилищ и неудовлетворительное состояние защитных гидротехнических сооружений, а также загрязнение водных объектов нефтепродуктами и сточными водами. Развитие эрозионных процессов наблюдается в долинах рек Кубань, Терек и Черек, а также по притокам рек Андийское Койсу, Аварское Койсу и Самур.
На территории Республики Северная Осетия - Алания процессы речной эрозии достигают значительных масштабов в весенний период при прохождении селевых паводков и сходе снежных лавин. В Ставропольском крае такие процессы в пределах особо охраняемого эколого-курортного района (Кавказские Минеральные Воды) проявляются в размыве незащищенных берегов и земляных дамб, основной причиной которого является усиление паводков, связанных с интенсификацией таяния ледников в их истоках.
В Северо-Кавказском федеральном округе насчитывается более 300 водохранилищ в основном сезонного или суточного регулирования. Зарегулированный сток используется главным образом для орошения сельскохозяйственных угодий и рыборазведения.
Наибольшее развитие регулирование стока получило в Ставропольском крае, где эксплуатируется около 100 водохранилищ суммарной полезной емкостью 2,15 куб. километров. Многие наливные водохранилища расположены на каналах перераспределения стока - это Сенгилеевское водохранилище, работающее на воде р.Кубань, поступающей по Невинномысскому каналу, Кубанское водохранилище, расположенное на Большом Ставропольском канале, перераспределяющем воду р.Кубань в безводные районы бассейна Каспийского моря, и Егорлыкское водохранилище, частично работающее на воде р.Кубань и регулирующее сток р.Егорлык. Остальные водохранилища более мелкие и предназначены для ирригации, водоснабжения, рыборазведения и энергетики.
Чограйское водохранилище, расположенное на границе Республики Калмыкия и Ставропольского края, предназначено для аккумулирования воды, орошения, обводнения, питьевого водоснабжения и рыборазведения. За период эксплуатации водохранилища качество воды в нем ухудшилось за счет неблагоприятного гидрологического режима, при котором устойчиво растет минерализация воды.
Большой Ставропольский канал является каналом комплексного назначения, который осуществляет забор воды из р.Кубань и обеспечивает водой 4 гидроэлектростанции и группу городов Кавказских Минеральных Вод. Также на территории Ставропольского края действуют Невинномысский канал, который забирает воду из р.Кубань, и Терско-Кумский канал, источником питания которого является р.Терек.
Территории Кабардино-Балкарской Республики, Чеченской Республики и Республики Ингушетия расположены в верхнем и среднем течении р.Терек. Зарегулированность стока здесь очень невысока полезная емкость водохранилищ составляет 12 млн. куб. метров. В основном это небольшие водохранилища, предназначенные для орошения земель.
Зарегулированность стока на территории Республики Дагестан также невелика - суммарный полезный объем 11 водохранилищ составляет 1,44 куб. метров, причем значительная его доля приходится на водохранилище Чиркейской гидроэлектростанции, расположенной на р.Сулак. Остальные водохранилища используются для целей энергетики, водоснабжения или ирригации и в основном тоже находятся в бассейне р.Сулак.
На территории Карачаево-Черкесской Республики расположены Кубанское и Усть-Джегутинское водохранилища, предназначенные для рыборазведения, мелиоративных мероприятий и других нужд. Существует 3 крупных водохозяйственных системы - Большой Ставропольский канал, Зеленчукская гидроэлектростанция и регулирующее водохранилище на р.Эшкакон.
Большинство гидротехнических сооружений, расположенных в Северо-Кавказском федеральном округе, имеют высокую степень износа и требуют капитального ремонта и замены оборудования, а также частичной или полной реконструкции основных сооружений.