Основными функциями Центра являются:
обеспечение полного и достоверного учета статистических данных государств Сторон о внешней и взаимной торговле товарами;
формирование системы показателей статистики внешней торговли и статистики взаимной торговли государств Сторон;
издание, опубликование и направление государственным органам государств Сторон статистических и информационных материалов по внешней и взаимной торговле таможенного союза в соответствии с программой статистических работ Центра, утверждаемой Комиссией;
представление по запросу государственных органов Сторон данных статистики внешней торговли и статистики взаимной торговли таможенного союза;
подготовка информационных и аналитических материалов по внешней и взаимной торговле, динамике и тенденциям экономического сотрудничества в рамках государств - участников таможенного союза и в торговле с третьими странами;
разработка единой методологии ведения таможенной статистики внешней торговли и статистики взаимной торговли, обеспечивающей сопоставимость данных и базирующейся на международных правилах и стандартах;
формирование единого информационно-статистического пространства в рамках таможенного союза;
взаимодействие с уполномоченными органами Сторон по вопросам организации обучения кадров, проведения семинаров и других мероприятий, связанных с развитием статистики внешней торговли и статистики взаимной торговли;
осуществление международного статистического сотрудничества, участие в работе международных статистических организаций;
содействие внедрению передовых информационных технологий в статистике внешней и взаимной торговли;
ведение единых классификаторов, используемых при формировании статистики внешней торговли и статистики взаимной торговли.