Аудит регионов-участников на "входе" в процессе реализации проектов и по их итогам проводится по регламенту, который разрабатывается и принимается рабочей группой Минэкономразвития России и входит в состав проектной документации.
Постоянный состав аудиторской комиссии утверждается решением Минэкономразвития России по представлению рабочей группы. К проведению аудиторских проверок привлекаются эксперты из других регионов.