Управление реализацией Программы осуществляет национальный исследовательский центр "Курчатовский институт".
Национальный исследовательский центр "Курчатовский институт" ежегодно представляет в Правительство Российской Федерации отчет о ходе реализации Программы, достигнутых результатах и эффективности использования финансовых средств, в том числе о достигнутых значениях показателей в увязке с тематическими направлениями.
Контроль за целевым использованием бюджетных ассигнований, выделенных из федерального бюджета, осуществляется в установленном законодательством Российской Федерации порядке.