Система государственного управления геологической отраслью на федеральном уровне включает:
Министерство природных ресурсов и экологии Российской Федерации, осуществляющее функции по выработке государственной политики и нормативно-правовому регулированию в сфере изучения, использования, воспроизводства и охраны недр, безопасного ведения работ, связанных с пользованием недрами, а также мониторинга состояния недр;
Федеральное агентство по недропользованию и его территориальные органы, оказывающие государственные услуги по геологическому изучению недр, осуществляющие управление государственным имуществом, лицензирование недропользования, государственный учет и государственную экспертизу запасов, информации и проектов геолого-разведочных работ;
Федеральную службу по надзору в сфере природопользования и ее территориальные органы, осуществляющие государственный контроль за геологическим изучением, рациональным использованием и охраной недр.
К полномочиям органов государственной власти субъектов Российской Федерации в сфере регулирования отношений недропользования относятся управление фондом недр общераспространенных полезных ископаемых, участками недр местного значения, а также участие в разработке и реализации государственных программ геологического изучения недр и воспроизводства минерально-сырьевой базы и участие в определении условий пользования месторождениями полезных ископаемых на своих территориях.
Координационным органом, обеспечивающим взаимодействие федеральных органов исполнительной власти, органов исполнительной власти субъектов Российской Федерации и иных органов и организаций в области изучения и использования минерально-сырьевых ресурсов, является Правительственная комиссия по вопросам топливно-энергетического комплекса и воспроизводства минерально-сырьевой базы.
В настоящее время отсутствует четкое разграничение ответственности государства и бизнеса в сфере воспроизводства минерально-сырьевой базы Российской Федерации. Поиски и оценка месторождений полезных ископаемых осуществляются как за счет средств федерального бюджета в рамках государственного заказа, так и за счет средств недропользователей на лицензионной основе. При этом соотношение вкладов государства и бизнеса в геолого-разведочные работы в денежном выражении составляет в среднем соответственно 1 к 20 - для углеводородного сырья и 1 к 5 - для твердых полезных ископаемых. Геолого-разведочные работы по поиску отдельных видов твердых полезных ископаемых за счет средств недропользователей не ведутся.
Большинство геологических организаций функционирует в форме федеральных государственных унитарных предприятий и акционерных обществ, управление которыми осуществляется при минимальном участии Федерального агентства по недропользованию.