1. Контроль за выполнением настоящего Соглашения осуществляет Комиссия таможенного союза.
2. Комиссия таможенного союза представляет в Межгосударственный Совет Евразийского экономического сообщества (высший орган таможенного союза) на уровне глав правительств ежегодный отчет об исполнении настоящего Соглашения.
3. По решению Комиссии таможенного союза может быть создан специальный комитет из сотрудников уполномоченных, таможенных и иных государственных органов Сторон, иных привлеченных специалистов для контроля (аудита) за соблюдением Сторонами порядка зачисления и распределения поступивших сумм ввозных таможенных пошлин.
4. Комитет государственного контроля Республики Беларусь, Счетный комитет по контролю за исполнением республиканского бюджета Республики Казахстан, Счетная палата Российской Федерации в рамках совместных контрольных мероприятий ежегодно проверяют соблюдение уполномоченными органами Сторон положений настоящего Соглашения.
5. Государственный таможенный комитет Республики Беларусь, Комитет таможенного контроля Министерства финансов Республики Казахстан и Федеральная таможенная служба определяют единый порядок обмена информацией, связанной с уплатой ввозных таможенных пошлин.