1. Секретариат возглавляет ответственный секретарь Комиссии (далее - ответственный секретарь), который имеет по одному заместителю от каждой из Сторон, кроме Стороны, от которой назначен ответственный секретарь.
2. Ответственный секретарь и его заместители утверждаются по представлению Сторон и освобождаются от должностей Комиссией с учетом принципа ротации должности ответственного секретаря между Сторонами. Порядок ротации должности ответственного секретаря определяется Комиссией.
3. Ответственный секретарь участвует в заседаниях Комиссии и высшего органа таможенного союза.
4. Ответственный секретарь решением Комиссии может наделяться в установленном порядке полномочиями по распоряжению финансовыми и материальными средствами Комиссии, заключать гражданско-правовые договоры, выступать в суде.
5. Секретариат имеет структурные подразделения - департаменты. Количество департаментов Секретариата и их штатная численность определяются решением высшего органа таможенного союза.