Функции Секретариата Координационного совета возлагаются на Федеральную таможенную службу (Российская Федерация).
Перечень функций, выполняемых Секретариатом, определяется Положением о Секретариате Координационного совета руководителей таможенных служб государств Сторон, утверждаемым Координационным советом.
Секретариат осуществляет организацию работы и информационно-техническое обеспечение деятельности Координационного совета.
Расходы по командированию членов Координационного совета или их уполномоченных представителей для участия в заседаниях несет направляющая Сторона.