Координационный совет осуществляет следующие функции:
осуществление в пределах своей компетенции мониторинга исполнения норм международных актов, регулирующих таможенные отношения в таможенном союзе;
разработка проектов международных актов, регулирующих таможенные отношения в таможенном союзе, внесение их на рассмотрение Комиссии таможенного союза, а также подготовка и рассмотрение проектов международных актов государств Сторон в части, касающейся таможенного дела, внесение предложений в Комиссию таможенного союза о принятии международных актов;
участие в создании правовых и организационных условий для формирования и функционирования единой таможенной территории;
содействие реализации решений, принятых высшим органом таможенного союза и Комиссией таможенного союза;
подготовка и принятие совместных планов и мер, направленных на обеспечение единообразного соблюдения норм таможенного регулирования в таможенном союзе, контроль за соблюдением которых возложен на таможенные органы государств Сторон;
разрешение основных вопросов взаимодействия таможенных служб государств Сторон в сфере таможенного дела;
обсуждение спорных вопросов, связанных с толкованием и (или) применением Таможенного кодекса таможенного союза;
анализ и рассмотрение хода реализации актов, регулирующих таможенные отношения в таможенном союзе;
инициирование в установленном порядке перед Сторонами и участие в разработке и реализации программ развития таможенного союза в сфере таможенного дела;
подготовка и внесение на рассмотрение Комиссии таможенного союза предложений по совершенствованию таможенного дела, унификации таможенных правил и форм таможенных документов;
координация деятельности, направленной на обеспечение соблюдения запретов и ограничений;
рассмотрение и подготовка рекомендаций таможенным службам государств Сторон по обеспечению единообразного применения правил определения страны происхождения и определения таможенной стоимости товаров;
рассмотрение и подготовка предложений для Комиссии таможенного союза по разработке и совершенствованию порядка декларирования и контроля таможенной стоимости товаров;
осуществление мониторинга соблюдения унифицированного порядка таможенного контроля, единообразного и эффективного применения унифицированных таможенных процедур в государствах - участниках таможенного союза;
подготовка предложений по совершенствованию форм и методов таможенного контроля;
осуществление мониторинга применения таможенными службами государств Сторон унифицированных правил перемещения физическими лицами через таможенную границу таможенного союза товаров для личного пользования и порядка декларирования таких товаров;
осуществление мониторинга единообразного применения единой Товарной номенклатуры внешнеэкономической деятельности;
рассмотрение предложений и разработка рекомендаций по внесению изменений в единую Товарную номенклатуру внешнеэкономической деятельности;
координация осуществления таможенными службами государств Сторон в пределах своей компетенции контроля за валютными операциями резидентов и нерезидентов, связанными с перемещением товаров и транспортных средств через таможенную границу таможенного союза, в соответствии с законодательством государств Сторон;
организация взаимодействия таможенных служб государств Сторон по борьбе с контрабандой, иными преступлениями в сфере таможенного дела, а также административными правонарушениями; .
координация разработки, совершенствования и внедрения информационных систем и информационных технологий, применяемых таможенными службами государств Сторон, обеспечение информационной безопасности;
разработка и реализация системы совместных мер таможенных служб государств Сторон по пресечению незаконного оборота наркотических средств и психотропных веществ, оружия, предметов художественного, исторического и археологического достояния народов государств Сторон и народов зарубежных стран, объектов интеллектуальной собственности, видов животных и растений, находящихся под угрозой исчезновения, их частей и дериватов, других товаров;
разработка мер и создание условий, в пределах компетенции таможенных служб государств Сторон, способствующих ускорению товарооборота через внешние границы таможенного союза, а также содействующих развитию внешнеэкономических связей государств Сторон, предприятий, учреждений, организаций и граждан государств Сторон, включая развитие таможенной инфраструктуры, обеспечение реализации этих мер;
участие в пределах своей компетенции в международном сотрудничестве по таможенным вопросам, координация участия в нем центральных таможенных органов государств Сторон.