Основными задачами Координационного совета являются:
координация функционирования таможенных служб государств Сторон в рамках таможенного союза;
участие в формировании единой правовой базы таможенного союза по вопросам таможенного дела в части, касающейся компетенции таможенных служб государств Сторон;
содействие реализации международных актов, регулирующих таможенные отношения в таможенном союзе, и единообразного применения Таможенного кодекса таможенного союза;
участие в обеспечении унифицированного порядка организации таможенного оформления и таможенного контроля товаров и транспортных средств на территории таможенного союза;
координация работы таможенных служб государств Сторон по поэтапной отмене таможенного контроля на границах между государствами-участниками таможенного союза.