Координационный совет возглавляет Председатель.
Председательство осуществляется руководителями таможенных служб государств Сторон поочередно на ротационной основе в порядке русского алфавита, исходя из названия государств в течение одного года, и начинается с руководителя Федеральной таможенной службы (Российская Федерация).
Полномочия Председателя Координационного совета могут быть продлены на следующие сроки, если членами Координационного совета будет принято соответствующее решение.
Порядок работы Координационного совета определяется Правилами процедуры, утверждаемыми Координационным советом.