Комиссия осуществляет следующие функции:
исполняет решения, принятые высшим органом таможенного союза;
осуществляет мониторинг исполнения международных договоров по формированию таможенного союза;
разрабатывает при участии правительств Сторон рекомендации для высшего органа таможенного союза по вопросам формирования и функционирования таможенного союза;
обеспечивает в пределах своих полномочий реализацию международных договоров, формирующих договорно-правовую базу таможенного союза;
оказывает содействие Сторонам в урегулировании споров в рамках таможенного союза до обращения в Суд Евразийского экономического сообщества;
осуществляет в пределах своих полномочий взаимодействие с органами государственной власти Сторон;
выполняет функции депозитария международных договоров по формированию таможенного союза.
Порядок и условия осуществления Комиссией функций в конкретных сферах ее деятельности определяются отдельными международными договорами между Сторонами.
В целях обеспечения эффективного функционирования Таможенного союза и его органов Комиссия вправе создавать координационные и консультативные органы для рассмотрения предложений и согласования позиций государств - членов Таможенного союза по отдельным вопросам, а также для подготовки соответствующих рекомендаций для Комиссии (абзац дополнительно включен Международным протоколом от 9 декабря 2010 года).