Комиссия осуществляет свою деятельность на основе следующих принципов:
добровольная поэтапная передача Комиссии части полномочий государственных органов Сторон;
обеспечение взаимной выгоды и учет национальных интересов Сторон;
экономическая обоснованность принимаемых решений;
открытость, гласность и объективность.