В Инструкции по делопроизводству определяются особенности документооборота внутренних документов. Прохождение внутренних документов на этапах их подготовки и оформления соответствует прохождению отправляемых документов, а на этапе исполнения - поступающих документов.
В Инструкция по делопроизводству рекомендуется предусмотреть:
процедуру прохождения проектов приказов федерального органа исполнительной власти по основной деятельности и по личному составу, основные инстанции визирования приказов, место регистрации приказов, порядок регистрации и место хранения подлинников приказов, порядок рассылки копий приказов в структурные подразделения, заинтересованным лицам, территориальным органам федеральных органов исполнительной власти в субъектах Российской Федерации, другим организациям;
организацию протокольной работы (сроки подготовки протоколов заседаний и совещаний, место регистрации протоколов, порядок регистрации протоколов, место хранения подлинников протоколов, способ доведения принятых решений до сведения заинтересованных лиц и исполнителей);
процедуру прохождения гражданско-правовых договоров, место и способ их регистрации, место хранения подлинников договоров;
место и способ регистрации внутренних информационно-справочных документов (докладных, служебных, аналитических записок, справок и др.), порядок передачи документов между структурными подразделениями федерального органа исполнительной власти;
передачу документов между структурными подразделениями федерального органа исполнительной власти через Службу делопроизводства.