Финансирование приграничного сотрудничества осуществляется Сторонами из средств, формируемых за счет национальных бюджетов на соответствующие цели. Выполнение совместных межгосударственных программ и проектов осуществляется в соответствии с Порядком разработки, реализации и финансирования межгосударственных целевых программ Содружества Независимых Государств, утвержденным Решением Совета глав правительств СНГ от 16 апреля 2004 года.
Финансирование деятельности совместных органов по приграничному сотрудничеству и реализуемых ими проектов осуществляется Сторонами в соответствии с национальным законодательством Сторон.