3.1. Заповедник учрежден решением Совета Народных Комиссаров Башкирской АССР 3 сентября 1929 года N 101/33/1. После закрытия заповедника в 1951 году он был вновь учрежден постановлением Совета Министров РСФСР от 5 ноября 1957 года N 1201 и организован в соответствии с постановлением Совета Министров Башкирской АССР от 25 января 1958 года N 28.
В соответствии с Государственным актом на право собственности на землю за номером РБ-18-07, полученным заповедником в 1993 году, его общая площадь составляет 49609 га.
Заповедник расположен в Бурзянском, Абзелиловском и Белорецком районах Республики Башкортостан.
Границы заповедника установлены в соответствии с распоряжением Совета Министров РСФСР от 24 февраля 1958 года N 788-р и в дальнейшем были изменены в соответствии с постановлением Совета Министров Башкирской АССР от 15 сентября 1958 года N 496, распоряжением Совета Министров РСФСР от 25 октября 1958 года N 7411-р, распоряжением Совета Министров РСФСР от 29 июня 1962 года N 2802-р, постановлением Совета Министров РСФСР от 6 января 1986 года N 9.
3.2. На прилегающих к территории заповедника участках земли и водного пространства в соответствии с Федеральным законом "Об особо охраняемых природных территориях" создается охранная зона с ограниченным режимом природопользования.
3.3. К территории заповедника в соответствии со статьей 10 Федерального закона "Об особо охраняемых природных территориях" в целях проведения научных исследований, экологического мониторинга, а также апробирования и внедрения методов рационального природопользования, не разрушающих природную среду и не истощающих биологические ресурсы, может быть присоединена территория биосферного полигона с дифференцированным режимом особой охраны и функционирования.
3.4. В ведении заповедника в качестве его структурных подразделений могут находиться заказники и другие особо охраняемые природные территории и объекты, расположенные вне границ заповедника.