3.1. Заповедник учрежден постановлением Правительства Российской Федерации от 4 декабря 1999 года N 1342 на основании постановления Администрации Алтайского края от 22 января 1999 года N 35 на общей площади 40693 га, состоит из трех участков, расположенных в Змеиногорском, Третьяковском и Краснощековском районах Алтайского края.
3.2. На прилегающих к территории заповедника участках земли и водного пространства в соответствии с законодательством об особо охраняемых природных территориях создается охранная зона с ограниченным режимом природопользования.
3.3. К территории заповедника в соответствии со статьей 10 Федерального закона "Об особо охраняемых природных территориях" в целях проведения научных исследований, экологического мониторинга, а также апробирования и внедрения методов рационального природопользования, не разрушающих природную среду и не истощающих биологические ресурсы, может быть присоединена территория биосферного полигона с дифференцированным режимом особой охраны и функционирования.