3.1. Заповедник учрежден постановлением Правительства Российской Федерации от 4 сентября 1999 года N 1004 общей площадью 125124,3 га на базе реорганизованных государственных природных заповедников "Чазы", созданного постановлением Совета Министров РСФСР от 16 августа 1991 года N 432 и "Малый Абакан", созданного постановлением Совета Министров - Правительства Российской Федерации от 14 августа 1993 года N 816. Заповедник является юридическим правопреемником заповедников "Чазы" и "Малый Абакан".
Постановлением Правительства Российской Федерации от 10 мая 2001 года N 365 площадь заповедника была расширена на 142441 га.
Заповедник состоит из десяти автономных участков, расположенных в пяти административных районах Республики Хакасия: Орджоникидзевском (участок "Подзаплоты" - 5181 га), Ширинском (участок "Иткуль" - 5547 га, участок "Шира" - 1397 га, участок "Беле" - 5292 га), Боградском (участок "Оглахты" - 795 га), Усть-Абаканском (участок "Оглахты" - 1795 га, участок "Хол-Богаз" - 2499 га, участок "Камызякская степь" с озером Улух-Коль - 4789,3 га) и Таштыпском (участок "Малый Абакан" - 97829 га, участок "Заимка Лыковых" - 142441 га). Общая площадь заповедника составляет 267565,3 га.
3.2. На прилегающих к территориям заповедника участках земли и водного пространства решением Исполнительного комитета Совета Народных депутатов Хакасской Автономной Области от 13 февраля 1991 года N 37, постановлением Совета Министров Республики Хакасия от 24 апреля 1994 года N 102 создана охранная зона заповедника площадью 167648,75 га и утверждено соответствующее Положение, которым на территории охранной зоны заповедника установлен ограниченный режим природопользования.
3.3. К территории заповедника в соответствии со статьей 10 Федерального закона "Об особо охраняемых природных территориях" в целях проведения научных исследований, экологического мониторинга, а также апробирования и внедрения методов рационального природопользования, не разрушающих природную среду и не истощающих биологические ресурсы, может быть присоединена территория биосферного полигона с дифференцированным режимом особой охраны и функционирования.