3.1. Заповедник образован в соответствии с постановлением ЦК КПСС и Совета Министров СССР N 487-152 от 19 июня 1978 года, постановлением Совета Министров Башкирской АССР от 9 октября 1978 года N 510, приказами Гослесхоза от 27 ноября 1978 года N 157, Минлесхоза РСФСР от 27 апреля 1979 года N 160 и Минлесхоза Башкирской АССР от 1 июня 1979 года N 81.
3.2. Заповедник расположен на территории Белорецкого района Республики Башкортостан и Катав-Ивановского района Челябинской области. В границах заповедника находится закрытое административно-территориальное образование г.Межгорье.
Границы заповедника установлены в соответствии с приказом Минлесхоза Башкирской АССР от 1 июня 1979 года N 81, постановлением Совета Министров Башкирской АССР от 15 июля 1980 года N 357, приказом Минлесхоза Республики Башкортостан от 22 января 1997 года N 4 и распоряжением Кабинета Министров Республики Башкортостан от 3 декабря 1997 года N 5-70р. Общая площадь заповедника составляет 252824 га, из них в пределах Белорецкого района Республики Башкортостан - 209027 га, в пределах ЗАТО - города Межгорье - 19429 га, в пределах Катав-Ивановского района Челябинской области - 24368 га.
3.3. На прилегающих к территориям заповедника участках земли и водного пространства в соответствии с Федеральным законом "Об особо охраняемых природных территориях" создается охранная зона с ограниченным режимом природопользования.
3.4. К территории заповедника в соответствии со статьей 10 Федерального закона "Об особо охраняемых природных территориях" в целях проведения научных исследований, экологического мониторинга, а также апробирования и внедрения методов рационального природопользования, не разрушающих природную среду и не истощающих биологические ресурсы, может быть присоединена территория биосферного полигона с дифференцированным режимом особой охраны и функционирования.