Механизм реализации Программы включает в себя организационные мероприятия, обеспечивающие управление процессами планирования, исполнения и контроля.
Текущий контроль за ходом реализации Программы и координацию деятельности участников осуществляет межведомственная рабочая группа, создаваемая Правительством Российской Федерации из представителей федеральных органов исполнительной власти - участников Программы.
Участники Программы ежегодно уточняют затраты по мероприятиям, принимая во внимание результаты применения мер государственной защиты и выделяемые на реализацию Программы финансовые средства.
Изменение объемов финансирования отдельных мероприятий осуществляется путем внесения изменений в Программу в соответствии с предложениями координатора Программы, согласованными с Министерством финансов Российской Федерации и Министерством экономического развития Российской Федерации.
Исполнители мероприятий по приобретению специальных средств индивидуальной защиты, связи и оповещения об опасности для выдачи защищаемым лицам определяются в порядке, установленном законодательством Российской Федерации.
Взаимоотношения участников Программы и защищаемых лиц в ходе реализации Программы определяются в порядке, установленном Федеральным законом и гражданским законодательством Российской Федерации.
Координатор Программы ежегодно, не позднее 1 апреля, представляет в Министерство финансов Российской Федерации и Министерство экономического развития Российской Федерации отчет о выполнении программных мероприятий за прошедший год и об использовании ассигнований федерального бюджета, подготовленный на основании представленных ему участниками Программы материалов. Доклад о результатах выполнения Программы за прошедший год представляется координатором Программы в Правительство Российской Федерации ежегодно, не позднее 1 мая.
Отчет о реализации Программы представляется координатором Программы в Правительство Российской Федерации, Министерство финансов Российской Федерации и Министерство экономического развития Российской Федерации не позднее 1 мая 2014 года.