Для достижения стратегических целей, повышения эффективности механизмов реализации настоящей Стратегии, а также своевременного выполнения запланированных мероприятий формируется система управления ее реализацией, которая предполагает:
разработку и принятие эффективной организационной модели по реализации мероприятий настоящей Стратегии;
обеспечение согласованности положений настоящей Стратегии, плана мероприятий по ее реализации и стратегий регионального развития субъектов Российской Федерации;
создание механизма мониторинга и оценки рисков выполнения предусмотренных мероприятий, включая эффективные механизмы их адаптации и изменения в соответствии с меняющимися внешними и внутренними условиями;
выделение на каждом этапе реализации настоящей Стратегии важнейших целевых ориентиров и концентрацию имеющихся ресурсов на их достижении.
Органам государственной власти субъектов Российской Федерации рекомендуется осуществить на основе положений настоящей Стратегии разработку или произвести корректировку существующих региональных программ в области использования и охраны водных объектов.
Реализация настоящей Стратегии осуществляется органами государственной власти в соответствии с полномочиями в установленной сфере деятельности. Органами государственной власти определяются должностные лица, которые несут персональную ответственность за исполнение мероприятий настоящей Стратегии, а также представление отчетности о достижении целевых показателей, проблемах и рисках, предпринимаемых мерах по их преодолению.
Координатором реализации настоящей Стратегии является Министерство природных ресурсов и экологии Российской Федерации. Задачами координатора является разработка системы мониторинга, анализ хода реализации плана мероприятий и оценка достигнутых результатов, представление в Правительство Российской Федерации сводной отчетности и предложений по оптимизации комплекса мер и финансового обеспечения.
Организация системы мониторинга реализации настоящей Стратегии предполагает определение плана выполнения мероприятий, установление промежуточных индикаторов, формирование системы отчетности органов государственной власти - исполнителей мероприятий.