Настоящую Стратегию предполагается реализовать в 2 этапа.
В рамках первого этапа (2009-2012 годы) обеспечивается создание условий для устойчивого развития водохозяйственного комплекса и предусматривается реализация мероприятий по следующим направлениям:
совершенствование нормативной правовой базы в сфере использования и охраны водных объектов;
совершенствование системы государственного управления водохозяйственным комплексом;
создание надежных механизмов, обеспечивающих внедрение инновационных технологий по рациональному водопользованию, а также усиление охраны и улучшение качества вод в водных объектах.
На данном этапе будут реализованы в первоочередном порядке мероприятия по повышению защищенности населения от негативного воздействия вод, ликвидации накопленного экологического вреда и повышению водообеспеченности отдельных регионов Российской Федерации.
В рамках второго этапа (2013-2020 годы) приоритетными направлениями реализации настоящей Стратегии являются:
модернизация водохозяйственного комплекса, обеспечивающая снижение антропогенной нагрузки, достижение высокого уровня защищенности населения от негативного воздействия вод, в том числе надежности и безопасности гидротехнических сооружений, рационализацию водопользования и снижение водоемкости экономики, включая строительство и реконструкцию сетевого хозяйства водоснабжения и водоотведения, инфраструктуры водоподготовки и очистки сточных вод;
опережающее развитие научно-технической и технологической базы водохозяйственного комплекса, широкое внедрение разрабатываемых инновационных технологий;
обеспечение водохозяйственного комплекса квалифицированными кадрами;
определение направлений практической реализации конкурентных преимуществ российского водоресурсного потенциала на внешних рынках.