Инфраструктура внутренних водных путей характеризуется высокой степенью износа, требует больших затрат на текущее содержание и ремонт, создает опасность потери технологической устойчивости внутреннего водного транспорта и определяет значительную потребность в инвестициях.
Нормативная база управления и содержания внутренних водных путей требует внесения изменений, т.к. система государственного регулирования деятельности организаций внутренних водных путей не достаточно эффективна и не соответствует результатам административной реформы.
Тарифная ставка работников учреждений формируется на основе отраслевой системы оплаты труда за счет средств федерального бюджета. На стимулирующие выплаты направляются внебюджетные средства. Направляемые средства не обеспечивают в полной мере сохранение и привлечение кадровых ресурсов. Невозможность получить приемлемые условия оплаты труда в системе предприятий внутренних водных путей демотивирует потенциальных кандидатов при выборе профессии или приводит к смене профессии по окончанию профильного учебного заведения. Наметилась опасная тенденция оттока высококвалифицированных специалистов из отрасли. В этих условиях ключевыми требованиями для эффективной работы внутренних водных путей и внутреннего водного транспорта в целом становятся не только снижение собственных затрат, но и повышение мотивации труда работников отрасли.
Система управления внутренними водными путями, в том числе система распределения функций и полномочий между соответствующими участниками управления, недостаточно эффективна, не соответствует современным требованиям, стандартам и задачам.
Управление федеральным имуществом в речных портах, а также полномочия собственника по передаче указанного федерального имущества юридическим и физическим лицам осуществляет Федеральное агентство по управлению государственным имуществом. Однако, существующая законодательная база по распоряжению указанным имуществом не учитывает отраслевую специфику внутреннего водного транспорта, в том числе сохранения технологического единства транспортного процесса и решения задач развития внутреннего водного транспорта.
Функционирование внутреннего водного транспорта не в должной степени способствует самостоятельному социально-экономическому развитию субъектов Российской Федерации. До настоящего времени отсутствовали необходимые правовые условия для обеспечения участия субъектов Российской Федерации в развитии речных портов, деятельность которых связана преимущественно с социально-экономическими потребностями регионов, в том числе по организации транспортного обслуживания населения.
Государственные бассейновые управления водных путей и судоходства имеют право на предпринимательскую и иную приносящую доход деятельность лишь в рамках выданного Министерством финансов Российской Федерации Генерального разрешения. Указанное обстоятельство значительно ограничивает виды деятельности, формирующие доходную часть бюджета предприятий, возможность привлечения средств на содержание и развитие объектов федеральной собственности.
Неотложность решения указанных проблем определяет необходимость и возможность проведения реформы системы управления внутренними водными путями Российской Федерации.