Система управления внутренними водными путями Российской Федерации в XX веке неоднократно претерпевала изменения.
В 1957 году было образовано Министерство речного флота РСФСР и подведомственные ему бассейновые управления пути и управления судоходных каналов, которые занимались эксплуатацией внутренних водных путей.
В 1995 году постановлением Правительства Российской Федерации от 05.01.95 N 12 "О преобразовании государственных предприятий водных путей и судоходных каналов Министерства транспорта Российской Федерации в государственные бассейновые управления водных путей и судоходства этого министерства" на базе бассейновых управлений пути и управлений судоходных каналов были созданы 15 государственных бассейновых управлений водных путей и судоходства, а также федеральное государственное унитарное предприятие "Канал имени Москвы".
В 1998 году приказом Министерства транспорта Российской Федерации в целях обеспечения государственного регулирования работы речного транспорта в Московском бассейне было создано федеральное государственное учреждение "Речная администрация Московского бассейна".
В 1931 году существовавший с 1923 года судоходный надзор был переименован в инспекцию судоходства, в 1934 году был учрежден отдел судоходного надзора, а на местах - инспекции судоходного надзора. В 1957 было организовано управление Главного ревизора по безопасности судоходства, а на линии - бассейновые судоходные инспекции. В 1973 году управление Главного ревизора переименовано в "Главное управление по безопасности судоходства Минречфлота РСФСР". В 1988 году было изменено наименование (с возложением функций по пожарной безопасности и охране объектов) - "Главная инспекция по безопасности судоходства и охране объектов Минречфлота РСФСР". В 1990 году в связи с упразднением Министерства речного флота РСФСР и образованием государственного концерна "Росречфлот", а затем его реорганизацией в Департамент речного транспорта Главная инспекция была преобразована в федеральное государственное учреждение "Государственная речная судоходная инспекция Российской Федерации" (ГРСИ) и передана в ведение Департамента речного транспорта.
Таким образом, до 2004 года функции контроля и надзора за обеспечением безопасности судоходства, такие как: государственная регистрация судов; надзор за безопасностью эксплуатации самоходных судов внутреннего плавания; задержание судов и иных плавучих объектов; расследование и классификация транспортных происшествий с судами; надзор за деятельностью государственных лоцманских служб и негосударственных организаций по лоцманской проводке судов осуществляла ГРСИ.
В 2004 году решением Правительства Российской Федерации ГРСИ была ликвидирована, а имущество и функции переданы созданной Федеральной службе по надзору в сфере транспорта.
Кроме того, от государственных бассейновых управлений водных путей и судоходства Ространснадзору были переданы такие функции как:
- пожарный надзор;
- экологический надзор;
- надзор за безопасностью СГТС;
- лицензирование;
- контроль за соблюдением законодательства в области внутреннего водного транспорта;
- контроль за деятельностью лоцманских служб.