Государственный заказчик-координатор и государственные заказчики Программы осуществляют ее подготовку и реализацию, а также контроль за ходом исполнения Программы совместно с уполномоченными федеральными органами исполнительной власти в порядке, установленном постановлением Правительства Российской Федерации от 26 июня 1995 г. N 594 "О реализации Федерального закона "О поставках продукции для федеральных государственных нужд".
Государственными заказчиками Программы являются Министерство обороны Российской Федерации, Министерство внутренних дел Российской Федерации, Министерство Российской Федерации по делам гражданской обороны, чрезвычайным ситуациям и ликвидации последствий стихийных бедствий, Федеральная служба безопасности Российской Федерации и Федеральная таможенная служба.
Министерство обороны Российской Федерации осуществляет функции государственного заказчика в отношении мероприятий Программы, предусматривающих научно-исследовательские и опытно-конструкторские работы, и обеспечивает координацию деятельности с другими государственными заказчиками Программы.
Финансирование проектно-изыскательских работ, строительство и реконструкция зданий и помещений для размещения оборудования и автоматизированных рабочих мест единой информационно-аналитической системы, внедрение элементов единой информационно-аналитической системы, автоматизированной системы контроля и финансирование мероприятий по внедрению других систем, включенных в Программу, осуществляются государственными заказчиками Программы в подведомственных им авиационных структурах в установленном порядке через главных распорядителей бюджетных средств, к ведению которых отнесены объекты указанных систем.
Финансирование проектно-изыскательских работ, строительство и реконструкция зданий и помещений для размещения оборудования коммуникационных узлов и транспортных сетей связи единой информационно-аналитической системы и их подключение к интегрированной мультисервисной телекоммуникационной системе осуществляются государственным заказчиком Программы - Министерством внутренних дел Российской Федерации.
Функции государственного заказчика-координатора и разработчика Программы исполняет Министерство обороны Российской Федерации.