К полномочиям федеральных органов государственной власти в сфере приграничного сотрудничества относятся:
1) разработка и реализация государственной политики, заключение международных договоров Российской Федерации, принятие федеральных законов и иных нормативных правовых актов в сфере приграничного сотрудничества;
2) установление порядка пропуска через государственную границу Российской Федерации для населения территорий приграничного сотрудничества Российской Федерации и приграничных территорий сопредельных государств;
3) установление на территориях приграничного сотрудничества Российской Федерации особых режимов осуществления внешнеторговой деятельности, в том числе приграничной торговли;
4) согласование проектов соглашений субъектов Российской Федерации о приграничном сотрудничестве;
5) регистрация соглашений субъектов Российской Федерации о приграничном сотрудничестве;
6) представление интересов Российской Федерации по вопросам приграничного сотрудничества в отношениях с сопредельными государствами и международными организациями;
7) координация осуществляемого органами государственной власти субъектов Российской Федерации приграничного сотрудничества.