3.1. Заповедник учрежден постановлением Совета Министров РСФСР от 6 января 1986 года N 9 и организован в соответствии с приказом Главного управления охотничьего хозяйства и заповедников при Совете Министров РСФСР от 21 января 1986 года N 28 за счет части земель Башкирского государственного заповедника (Прибельский филиал).
3.2. Заповедник располагается на территории Бурзянского административного района Республики Башкортостан. Местонахождение заповедника определяется координатами: 52°90 ' - 53°10' с.ш. и 57°00' - 57°15' в.д.
Границы Прибельского филиала Башкирского государственного заповедника впервые утверждены в соответствии с решением Совета Министров РСФСР от 5 ноября 1957 года N 1201, постановлением Совета Министров Башкирской АССР от 15 сентября 1958 года N 496, распоряжением Совета Министров РСФСР от 25 октября 1958 года N 7411-р и приказом Главного управления охотничьего хозяйства и заповедников при Совете Министров РСФСР от 27 ноября 1958 года N 324 на площади 26967 га.
В соответствии с распоряжением Совета Министров РСФСР от 29 июня 1962 года N 2802-р и приказом Главного управления охотничьего хозяйства и заповедников при Совете Министров от 3 июля 1962 года N 176 площадь Прибельского филиала Башкирского государственного заповедника уменьшена на 4769 га.
Постановлением Совета Министров РСФСР от 6 января 1986 года N 9 установлены границы государственного заповедника "Шульган-Таш" на площади 22531 га, в том числе лесной площади 21360 га и нелесной - 1171 га.
Заповедник имеет государственный акт на право постоянного пользования землей N РБ-18-08, выданный администрацией Бурзянского района Республики Башкортостан 27 сентября 1993 года.
3.3. На прилегающих к территориям заповедника участках земли и водного пространства в соответствии с законодательством об особо охраняемых природных территориях создается охранная зона с ограниченным режимом природопользования.
На сопредельной с заповедником территории Кабинетом Министров Республики Башкортостан распоряжением N 123-р от 12 февраля 1997 года образован государственный природный заказник "Алтын Солок" (далее - заказник) на площади 90850 га. Положением о заказнике, утвержденным заместителем Премьер-Министра Республики Башкортостан М.А.Шакировым 12 ноября 1997 года, установлен режим особой охраны территории заказника, определено, что заказник может служить охранной (буферной) зоной заповедника, и что к охране заказника могут привлекаться работники заповедника.
3.4. К территории заповедника в соответствии со статьей 10 Федерального закона "Об особо охраняемых природных территориях" в целях проведения научных исследований, экологического мониторинга, а также апробирования и внедрения методов рационального природопользования, не разрушающих природную среду и не истощающих биологические ресурсы, может быть присоединена территория биосферного полигона с дифференцированным режимом особой охраны и функционирования.