2.1. На заповедник возлагаются следующие задачи:
а) осуществление охраны природных территорий в целях сохранения биологического разнообразия и поддержания в естественном состоянии охраняемых природных комплексов и объектов;
б) организация и проведение научных исследований, включая ведение Летописи природы и научно-практические мероприятия по охране генофонда бурзянской бортевой пчелы, развитию бортевого и пасечного пчеловодства и сохранению уникальной наскальной палеолитической живописи в пещере Шульган-Таш (Каповой);
в) осуществление экологического мониторинга;
г) экологическое просвещение, в том числе обеспечение функционирования музейно-экскурсионного комплекса;
д) участие в государственной экологической экспертизе проектов и схем размещения хозяйственных и иных объектов;
е) содействие в подготовке научных кадров и специалистов в области охраны окружающей природной среды.