Потребность в финансовых ресурсах для реализации мероприятий III этапа подпрограммы составляет 595,49 млн. рублей, в том числе по годам ее реализации:
2008 год - 66,598 млн. рублей;
2009 год - 72,392 млн. рублей;
2010 год - 81 млн. рублей;
2011 год - 125 млн. рублей;
2012 год - 250,5 млн. рублей.
При этом все средства планируется выделить из федерального бюджета. Особенностью подпрограммы является отсутствие затрат на научно-исследовательские и опытно-конструкторские работы и сосредоточение усилий исключительно на реализации инвестиций.
Региональные центры и береговые комплексные посты наблюдений строятся и эксплуатируются в рамках существующей структуры Военно-Морского Флота (на базе существующих воинских частей) в пределах установленной штатной численности на 1 января 2008 г. за счет ее перераспределения и не потребуют увеличения количества военнослужащих. По окончании строительства текущее содержание объектов единой государственной системы освещения надводной и подводной обстановки будет осуществляться за счет средств Министерства обороны Российской Федерации, предусматриваемых для подразделений и организаций, на базе которых будут функционировать вводимые объекты, и в пределах штатной численности этих подразделений и организаций. Функционирование Единого центра данных океанографических и гидрографических исследований Мирового океана будет осуществляться на базе существующего федерального государственного унитарного предприятия "Государственный научно-исследовательский навигационно-гидрографический институт" Министерства обороны Российской Федерации.