Потребность в финансовых ресурсах для выполнения III этапа подпрограммы составляет 746,34 млн. рублей, в том числе:
131,68 млн. рублей - в 2008 году;
139,49 млн. рублей - в 2009 году;
150 млн. рублей - в 2010 году;
157,61 млн. рублей - в 2011 году;
167,56 млн. рублей - в 2012 году.
Финансирование подпрограммы предполагается осуществить за счет средств федерального бюджета в размере 564,59 млн. рублей и внебюджетных источников в размере 181,75 млн. рублей.
Внебюджетные средства в основном будут сформированы за счет собственных средств участников федеральной целевой программы "Мировой океан", средств от реализации договоров и контрактов с российскими и иностранными коммерческими организациями и фирмами, долевых взносов партнеров, в том числе иностранных (при совместном использовании исследовательских судов), средств международных и негосударственных российских фондов, средств от участия в международных и региональных программах, а также средств, полученных за счет реинвестирования прибыли от реализации инвестиционных проектов.