Общее руководство деятельностью Департамента охраны Верховного Совета Российской Федерации возлагается на одного из заместителей Председателя Верховного Совета Российской Федерации.
Непосредственное руководство департаментом осуществляет директор департамента. Полномочия директора департамента определяются положением о Департаменте охраны Верховного Совета Российской Федерации.
Назначение на должность и освобождение от должности директора департамента производятся Президиумом Верховного Совета Российской Федерации по представлению заместителя Председателя Верховного Совета Российской Федерации, осуществляющего общее руководство деятельностью департамента. Назначение на должность и освобождение от должности заместителей директора департамента производятся Председателем Верховного Совета Российской Федерации по представлению директора департамента.