Государственным заказчиком - координатором Программы является Министерство обороны Российской Федерации. Государственными заказчиками Программы являются Министерство внутренних дел Российской Федерации, Федеральная служба безопасности Российской Федерации, Служба внешней разведки Российской Федерации, Федеральная служба охраны Российской Федерации, Главное управление специальных программ Президента Российской Федерации и Федеральное агентство специального строительства.
Управление реализацией Программы и контроль за ходом реализации мероприятий Программы осуществляют государственный заказчик - координатор Программы и государственные заказчики Программы.
Ответственность за подготовку и реализацию мероприятий Программы возлагается на государственного заказчика - координатора Программы.
Государственный заказчик - координатор Программы осуществляет общую координацию деятельности государственных заказчиков Программы по подготовке и реализации программных мероприятий, а также формирует предложения по рациональному использованию средств федерального бюджета.
До начала реализации Программы государственный заказчик координатор Программы представляет в Министерство экономического развития Российской Федерации положение об управлении реализацией Программы, в котором детально определяет и раскрывает метод управления реализацией Программы.
Для управления реализацией Программы предусматривается создание межведомственной комиссии, формируемой из должностных лиц государственного заказчика - координатора Программы, государственных заказчиков Программы и заинтересованных федеральных органов исполнительной власти.