При использовании программно-целевого метода могут возникнуть риски, связанные:
с недостатками управления Программой;
с неверно выбранными приоритетами развития рыбной отрасли;
с изменениями принципов бюджетного финансирования мероприятий Программы.
Риски, связанные с недостатками управления Программой, в значительной степени определяются координацией действий государственного заказчика - координатора Программы и государственных заказчиков Программы. Недостаточная их координация может привести к недостаточной финансовой поддержке реализации намеченных мероприятий, их неоправданному дублированию и снижению эффективности использования выделяемых средств федерального бюджета.
Недостаточный учет результатов мониторинговых исследований хода реализации Программы может существенно повлиять на объективность принятия решений при планировании мероприятий, что приведет к несогласованности действий, связанных с развитием отдельных направлений рыбохозяйственного комплекса.