Организация управления и контроль за ходом выполнения программы возлагаются:
на Департамент государственной политики и регулирования в области геологии и недропользования Министерства природных ресурсов и экологии Российской Федерации в части организации, реализации и координации программы;
на Федеральное агентство по недропользованию в части организации работ по воспроизводству минерально-сырьевой базы и ее рациональному использованию, проведения геологического изучения недр на территории Российской Федерации и ее континентальном шельфе;
на Федеральную службу по надзору в сфере природопользования в части государственного контроля за геологическим изучением, рациональным использованием и охраной недр.
Минприроды России в качестве субъекта бюджетного планирования осуществляет финансовый контроль за расходованием средств федерального бюджета, предусмотренных Долгосрочной программой, на размещение заказов на поставки товаров (работ, услуг) для государственных нужд с отражением результативности бюджетных расходов в ежегодном докладе "О результатах и основных направлениях деятельности МПР России".